L'Italia settentrionale e centrale, assieme alla Francia meridionale, fu l'area geografica dove si sviluppò maggiormente il Catarismo; secondo l'ex cataro Raniero Sacconi, erano circa 2.500 alla metà del XIII secolo, anche se questo dato si riferiva solo ai cosiddetti "Perfetti", si suppone quindi che il movimento, includendo anche "Credenti" e simpatizzanti, fosse molto diffuso.
Il primo vescovo di tutti i Catari italiani fu Marco di Lombardia e il suo successore fu Giovanni Giudeo, ma in seguito il movimento si frazionò in sei chiese locali:
- Chiesa di Desenzano (sul Lago di Garda), l'unica che praticava un dualismo di tipo assoluto e i cui adepti si chiamavano "albanesi", dal nome del primo vescovo Albano; altri vescovi degni di nota furono Belesinanza e soprattutto il massimo teologo Cataro Giovanni di Lugio.
- Chiesa di Concorrezzo (vicino a Monza), la maggiore in Italia ed i cui membri si chiamavano "garattisti", dal nome del loro primo vescovo Garatto; seguirono Nazario e Desiderio, ma con l'abiura dell'ultimo vescovo, Daniele da Giussano, la chiesa si estinse.
- Chiesa di Bagnolo San Vito (vicino a Mantova), i cui fedeli venivano chiamati "bagnolensi" o "coloianni", dal nome in greco del loro primo vescovo Giovanni il Bello; si estinse con l'abiura degli ultimi due vescovi, Albertino e Lorenzo da Brescia. A questa chiesa appartenne segretamente anche Armanno Pungilupo, morto nel 1269 e proposto per la canonizzazione in quanto ritenuto in vita persona di notevole rettitudine e santità e fatto oggetto, dopo morto, di venerazione e pellegrinaggi; purtroppo un'inchiesta, voluta da Papa Bonifacio VIII rivelò che Pungilupo era, per l'appunto, un Cataro e quindi fu condannato postumo.
- Chiesa di Vicenza o della Marca di Treviso, fondata dal primo vescovo, Nicola da Vicenza, seguito da Pietro Gallo, noto per la confutazione delle sue dottrine da parte di San Pietro Martire da Verona, che, secondo una leggenda, fu un Cataro pentito, diventato poi un inquisitore domenicano.
- Chiesa di Firenze, fondata da Pietro (Lombardo) di Firenze e di cui si ricorda il famoso condottiero ghibellino Farinata degli Uberti, cantato nell'Inferno di Dante.
- Chiesa di Spoleto e Orvieto, fondata da Girardo di San Marzano e proseguita da due donne, Milita di Marte Meato e Giuditta di Firenze; la chiesa si estinse con l'abiura dell'ultimo vescovo, Geremia.
Le ultime cinque Chiese menzionate praticavano un dualismo di tipo moderato, di origine bulgara (Concorrezzo) o dalla Sclavonia (le altre quattro).
Il movimento Cataro in Italia segui un destino diverso rispetto alle Chiese sorelle di Francia, e ciò era dovuto all'appoggio che spesso le fazioni ghibelline, in chiave antipapale, accordavano loro. Il tutto perdurò fino alla battaglia dì Benevento del 1266, quando la sconfitta del partito ghibellino e l'affermarsi di quello guelfo degli Angioini, fece mancare i potenti appoggi, goduti dai Catari fino a quel momento.
Iniziò il declino ed anche in Italia venne il momento della resa dei conti finale, una "Montségur" locale, cioè l'espugnazione, nel 1276, della rocca di Sirmione, dove si erano asserragliati i vescovi delle chiese di Desenzano e Bagnolo San Vito e numerosi "Perfetti" italiani ed occitani. Tutti furono arrestati e portati a Verona, dove 174 "Perfetti" furono bruciati sul rogo nel 1278.

L'azione fu compiuta dagli Scaligeri in concerto con Corradino di Svevia; i Veronesi, ghibellini, assediarono e catturarono i Catari, anch'essi ghibellini, al fine di far ritirare la scomunica del 1267 emanata da parte del papa Clemente IV che, preoccupato dell'alleanza fra Scaligeri e Corradino di Svevia, scomunicò, in un sol colpo, Scaligeri, Corradino di Svevia e tutti i cittadini veronesi.