Nel 16/11/1871 la sede del Grande Oriente si trovava in via del Governo Vecchio, 111 - La strada si trova nel cuore della Vecchia Roma - Era stata chiamata strada di Parione - dal nome del rione - e poi Strada papale perché da qui passavano i cortei pontifici che andavano a S. Giovanni. Era diventata Via del Governo Vecchio quando il governatorato fu trasferito da qui a palazzo Madama. Vuole la leggenda che in questa strada abitasse la Fornarina amata da Raffello. Dunque una strada carica di storia.

Nel 1873 fu trasferita a Palazzo Quirini in Via della Valle, 49 doveva essere quella dove affacciava palazzo della Valle, che ora fa angolo con piazza Sant'Andrea della Valle. L'antica piazza della Valle è l'attuale piazza Vidoni. Nella prima metà degli anni Ottanta, il palazzo Quirini fu demolito per il completamento di Via Nazionale verso il Tevere.
 

Nel 1885 la sede si trovava in un appartamento in Via di Campo Marzio, 48 accanto alla sede dell'Accademia filodrammatica di Roma.
 

Nel 1887 il GOI si trasferì a Palazzo Poli in Piazza Poli, 42 tra via del Tritone e la fontana di Trevi. Edificio storico di Roma, su cui venne a poggiarsi la costruzione della sede dell'Istituto Nazionale per la Grafica, risultato di diverse fasi costruttive,
 

Nel 1889 occupò Palazzo Borghese
 

Dal 1/2/1900 si trasferì a Palazzo Giustiniani di Roma; palazzo costruito alla fine del Cinquecento per conto di monsignor Francesco Vento, ma fu acquistato nel 1590 da Giuseppe Giustiniani, un esponente della famiglia genovese che aveva governato l'isola di Chio. Il figlio di Giuseppe, cardinale Benedetto Giustiniani, unì ad esso altri edifici circostanti fino a ricomprendere l'intero isolato nei pressi del Pantheon. Vincenzo Giustiniani (m.1637), fratello del cardinale, arricchì l'edificio di famiglia con una collezione di circa 1600 pezzi tra statuaria antica e quadri che comprendevano alcuni Giorgione, Tiziano, Raffaello e Caravaggio.
L'edificio cinquecentesco, inizialmente edificato a Giovanni Fontana, con probabili interventi del più celebre fratello Domenico, subì varie modifiche per tutta la prima metà del seicento fino all'intervento, nel 1650, di Borromini, cui si devono in particolare, all'esterno, il portone decentrato ed il relativo balcone sovrastante che si vedono sul prospetto di Via della Dogana Vecchia e, all'interno, tutto l'elegante cortile attuale, con l'atrio caratterizzato dai tipici archi ribassati borrominiani.
Nel 1859 all'estinguersi del ramo principale della famiglia Giustiniani, il palazzo divenne proprietà dei Grazioli che nel 1898 attraverso un'asta giudiziaria fu acquistato da un gruppo di persone che poi alla fine restarono proprietari i fratelli Questa dai quali il Grande Oriente d'Italia lo acquistò, avendolo già in affitto, e vi stabilì la propria sede, dando appunto il nome alla Massoneria di Palazzo Giustiniani. L'inaugurazione ufficiale del palazzo avvenne il 21 aprile 1901 con una sfarzosa cerimonia pubblica.
All'inizio del 1926, il governo Mussolini, nell'ambito dello scontro con la Massoneria, acquisì l'edificio al demanio pubblico e ne concesse l'utilizzo al Senato, ma seguì un contenzioso regolato in via bonaria per mezzo secolo, in virtù del quale la parte del palazzo che si affacciava su piazza della Rotonda rimase nella disponibilità della Massoneria. In questo periodo, esattamente nel 1938, l'edificio fu collegato a Palazzo Madama tramite un passaggio sotterraneo tutt'ora esistente. Soltanto nel 1988 il Senato poté disporre di quasi tutto l'edificio, grazie ad un'intesa a seguito della quale la Massoneria trasferì la sua sede alla villa del Vascello sul Gianicolo.

La Villa del Vascello fu costruita nel 1663 per opera di una curiosa coppia di fratelli, Basilio e Plautilla Bricci, che diedero sfogo a tutta la loro eccentrica fantasia di architetti della piena età barocca per ideare una palazzina, che, secondo Carlo Fea aveva forma di un gran vascello da guerra di cui rappresenta perfettamente tutte le parti esterne che non vi mancano che gli alberi e le vele. Per questa ragione il nome di Vascello. Il suo committente era stato l'abate Elpidio Benedetti, che operava a Roma al servizio del cardinale Mazzarino.

La villa passò, dopo la morte del primo proprietario, al duca di Nevers e, nel 1749, al conte Giraud, dal quale prese e mantenne il nome almeno fino alla metà del XIX secolo. Il suo destino, venne segnato nel giugno del 1849, quando in essa avvenne l'ultima disperata resistenza dei reparti garibaldini assaliti dai francesi appostati a Villa Corsini. Goffredo Mameli fu ferito in questa battaglia. I danni derivati dall'azione bellica furono così gravi che l'edificio dovette essere in gran parte demolito.

La proprietà fu più tardi acquistata dai Pamphili. Poi venne venduta al conte De Angelis, il quale nel 1877 la cedette al generale Giacomo Medici comandante dei difensori della Villa durante la suddetta battaglia del 3 Giugno 1849.

Il generale, che aderì al Grande Oriente d'Italia, fece ristrutturare gli edifici minori e di servizio così come si possono vedere attualmente.

Dal XX settembre 1982 è sede del Grande Oriente d'Italia.